北港登記所於1909年完工，是1908（明治41）年「登記所官舍廳舍計畫案」下興建的登記所廳舍。參見1907年《法律月刊》登載的〈登記所廳舍新營模形〉，可知當時係以頒佈標準圖方式分批新建全臺登記所建築。 文獻中示範的三等登記所基隆登記所，面對建築物的右側為倉庫（24*18尺）、中央及左側的後半段為登記所事務室（登記所辦公室，30*12尺）、前半段的中央為人民控所（民眾休息室，18*12尺）、左側則為公證事務室（公證辦公室，12*12尺）。同文獻記載若為二等及一等登記所，則其倉庫將依等級提高而增加面積，四等、五等相對則較三等登記所縮小其倉庫與事務室之面積。 北港登記所創建之初為四等登記所，現況仍可清楚見到其倉庫位於面對建築物之右側。倉庫內陳設過去的櫃子，天花板作竿緣天花作裝修。外觀上也可見到倉庫區與其他空間的與眾不同，包含窗戶均設置金屬窗扇，原有5扇，前方2扇金屬窗扇已佚失。倉庫與其他空間的隔間牆直達屋頂，應曾於屋瓦上作歸帶，形成獨立的防火構造。事務所、人民控所、公證事務室部份現有格局與標準圖有相對較多差異，可判斷曾在後期遭到改修。不過在應屬人民控所的空間中可見到一座櫃臺，應為過去的受附櫃臺。 其屋身為磚構造，原為清水紅磚立面，但後期曾遭水泥粉刷覆蓋其原有外觀，尤其是正面在近年又經過一次整修；兩個側面的表面粉刷層已開始剝落，而可見到原有清水磚之施作品質。其屋頂為木屋架構造，目前保存狀況尚可。原有屋瓦構造應已佚失，現況所見為鐵皮構造。 此外，根據1909年北港登記所遷入該建築時之文書，可知當時的土地分割，共有660-1、661、662、663、664、665、666、668-1、669、672、673等多筆地號，可推知登記所所在地上原來應有清代北港蜊仔街上的長排街屋，相關街屋建築的基礎構造不無可能仍存在登記所所在地之地坪面下。現況在北港登記所後方仍存在一口水井，井欄構造為早期的磚，不排除為清領時期建造之水井。 由於北港蜊仔街之地名，在國史館編著《笨港古文書選輯》文獻中，可分別見於乾隆、嘉慶、道光年間的古文書中，尤其1815年（嘉慶20年）文書中尚有「坐落媽祖宮後土名蜊仔街」之內容。 因此，北港登記所所在地亦是一塊重要考古基地。